Ajout de la possibilité d'ajouter un lien has replicate dans l'interface PO2Manager

actuellement la relation has replicate existe dans le modèle sur Observation et sur Step mais n'est pas implémentée dans PO2Manager/PO2Engine

added en attente des guidelines PO2 label

nous devons définir la différence entre répétitions et réplications/ (cf fichier guidelines https://docs.google.com/document/d/1FB9OiMkJz5aGmYRIu9XS5JCT4DoGRkmkIKwUVbUEB2s/edit?usp=drive_link)

le lien has_replicate ne me parait utile que pour relier des itinéraires ou des steps, pas pour des observations qui a priori contiendront les répétitions (=réplicats "techniques") et non des réplicats biologiques.

en pratique pour représenter des répétitions de mesure, on indique autant de lignes que de mesures réalisées dans un tableau simple contenu dans une observation PO2 (tableau "raw data" contenant toutes les mesures individuelles).

je réalise qu'il y a deux cas de figure:

• répétition de mesures dans un tableau simple: chaque mesure correspondant à une lgne
• répétition de mesures dans un tableau complexe: il y a alors autant de tableaux que de répétition des mesures

Si on veut identifier chaque répétition il faut transformer le tableau simple en tableau complexe en ajoutant une colonne indiquant l'identifiant de la répétition au moyen de l'attribut "result identifier"

Il faudrait alors un lien has_replicate entre les tableaux complexes pour identifier les répétitions de mesure ("réplicat technique").

Distinction répétition et réplication : Exemples: https://blog.gembaacademy.com/2007/05/08/repetitions-versus-replications/

Repetition involves consecutive runs of the same factor-level combination within a single experimental session, whereas replication involves non-consecutive runs of the entire experimental design in different experimental setups. https://www.qualitygurus.com/replication-vs-repetition/

Repetition involves taking multiple measurements or observations at the same factor settings during a single experimental run or in consecutive runs that are very close in time. Replication involves conducting the same experiment or measurements under identical factor settings in multiple, separate experimental runs. https://sixsigmadsi.com/repetition-vs-replication-key-differences/

Replicates are multiple experimental runs with the same factor settings (levels). Replicates are subject to the same sources of variability, independently of each other. https://support.minitab.com/en-us/minitab/21/help-and-how-to/statistical-modeling/doe/supporting-topics/basics/replicates-and-repeats-in-designed-experiments/

et bien sûr je maintiens la demande de pouvoir indiquer la relation has_replicate entre 2 itinéraires ou 2 steps pour distinguer les réplicats biologiques (mêmes conditions expérimentales répétées : on obtient alors des lots/échantillons différents)... Merci pour les utilisateurs ;-)

échanges mail au sujet de Dataveg RE_PO2hasReplicate_ds_Dataveg.msg

Il faut voir si la mesure est réalisée sur le même lot d'echantillon ou non Si on refabrique un échantillon dans les mêmes conditions on fait un replicat (on a donc un ou plusieurs steps identiques) sinon on fait des répétitions (donc plusieurs tableaux de mesure dans la même observation)

Si on a des steps répliqués il y aura une observation associée à chaque step , dans ce cas comment indiquer la moyenne calculée à partir de ces différents replicats ?

Une des options possibles, déjà discutée avec Patrice, est l'unique possibilité d'indiquer un réplicat au niveau de l'itinéraire. L'ensemble des étapes de l'itinéraire est alors répliqué. Ces étapes répliquées ne sont pas visibles dans l'interface, seules les observations associées peuvent être modifiées. Il reste effectivement le souci des observations sur l'ensemble des réplicats (moyenne, etc.).

@patrice.buche @stephane.dervaux super si vous avez discuté d'une solution, mais j'aimerais qu'on puisse en discuter avant la visio Dataveg prévue le 27 aout. Il faudra se baser sur cet exemple pour mettre au point les guidelines en cours.

Si on indique un réplicat (ou plusieurs)au niveau de l'itinéraire, cela implique que les steps et les produits d'entrée et de sortie de chaque itinéraire sont des instances différentes.

--> Cela revient-il à l'option "copier" un ou plusieurs steps ou un itinéraire complet ?

"Ces étapes répliquées ne sont pas visibles dans l'interface, seules les observations associées peuvent être modifiées." --> comment on saura quelle(s) observation(s) correspondent à quel réplicat ?

Je voudrais aussi comprendre les incidences en terme d'interrogation : pourra-ton retrouver ces réplicats avec SPO2Q ? si oui comment ? si non qu'est ce qu'on fait ?

Tout cela reste encore à définir.

Pour la copie, oui et non. Les étapes et itinéraires seront dupliqués uniquement lors de la sémantisation. Dans l'interface, seules les différentes observations seront visibles et identifiées, j'imagine, avec un numéro de réplicat.

Oui, les réplicats seront accessibles lors de l'interrogation.

« Pour la copie, oui et non. Les étapes et itinéraires seront dupliqués uniquement lors de la sémantisation. »

• J’aime bien les réponses en « oui et non » mais concrètement, je comprends d’après ta réponse que les étapes et itinéraires seront dupliqués uniquement lors de la sémantisation, ce ce qui ne semble donc pas être ce qui se passe lorsqu’on copie un step ou un itinéraire à l’aide de la fonction prévue pour copier à partir d’un step existant (fonction « Create new step avec option copy an existing step » ) ou d’un itinéraire existant (fonction « New itinerary from existing ») de PO2 Manager ?

• Cela devient complexe et il reste à expliciter pour les guidelines :

• la différence de traitement entre la fonction « Create new step avec option copy an existing step » (ou la variante « Create New Step from CSV ») pour les copies et la fonction «Add existing step » pour réutiliser un ou plusieurs steps à l’identique nos fameux clones

• L’utilisation d’une option ou de l’autre a des incidences variables sur le template import/export de projet qu’il faut documenter (répercutions sur les identifiants « uniques » temporaires ou pas temproraires, je n’arrive plus à suivre !!!)

• Il faudra illustrer les différentes options avec des exemples pour expliquer dans quels cas de figure on utilise tel ou tel option….c’est ce qui est prévue dans la partie « utilisation avancée » du support démo ppt Module 1

Si c’est plus pertinent, je peux faire un ticket au sujet des guidelines en cours (comme ça la boucle est bouclée !!) ou bien il suffit de reprendre le tag « guidelines en cours » pour retrouver les échanges ??

...

De : forge-mia forge-mia@inrae.fr Envoyé : mardi 30 juillet 2024 12:41 À : Magalie Weber magalie.weber@inrae.fr Objet : Re: PO²Manager | Ajout de la possibilité d'ajouter un lien has replicate dans l'interface PO2Manager (#9 (closed))

Stephane Dervaux commented:

Tout cela reste encore à définir.

Pour la copie, oui et non. Les étapes et itinéraires seront dupliqués uniquement lors de la sémantisation. Dans l'interface, seules les différentes observations seront visibles et identifiées, j'imagine, avec un numéro de réplicat.

Oui, les réplicats seront accessibles lors de l'interrogation.

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marked this issue as related to TransformON#31

attention à bien distinguer les réplicats biologiques des réplicats techniques: pour les réplicats techniques qui sont de simple répétitions de mesure, proposition de mettre systématiquement dans un tableau complexe une colonne avec attribut "result identifier" pour indiquer le nom/numéro de la répétition.

cela permet d'interroger dessus et d'avoir les différentes mesures en colonnes (ce qui est plus pratique pour partir des tableaux de données servant à la saisie et au calcul du résultat de la mesure)

exemple: détermination de la teneur en protéine (voir échanges avec Zoé/ Dataveg 28/11/2024)

analyse Kjehdhal : - donnée brute : MAT (teneur en azote totale) ou NPN (teneur en azote non protéique) - Donnée dérivée : NP (donnée calculée par différence entre MAT et NPN) - Donnée curée/donnée finale: teneur en protéine (donnée calculée à l'aide du coefficient de conversion en azote : caractéristique que l'on cherchait à obtenir)

--> chaque mesure en réalisée en double donc on a 2 lignes dans chaque tableau --> puis on calcule la moyenne de ces 2 répétitions

mentioned in issue #108

added bloquant label

created branch 9-ajout-de-la-possibilite-d-ajouter-un-lien-has-replicate-dans-l-interface-po2manager to address this issue

mentioned in merge request !55 (merged)

mentioned in issue #111

On va avoir un nouvel exemple ds dataveg avec Pam: 3 réplicats biologiques, chacun d'entre eux incluant 3 réplicats analytiques. Proposition discutée cet été: On déclare au niveau de l'itinéraire le nb de réplicats biologiques, puis chaque observation ds l'itinéraire inclut trois observations, une par réplicat biologique. On aura donc deux numéros à gérer:

• le numéro du réplicat biologique
• le numéro du réplicat analytique

comme vu ce matin, on gère les réplicats biologiques via l'interface (dév en cours pour implémenter has Replicate) --> l'utilisateur devra pouvoir exporter les observations correspondant à chaque réplicat individuellement ou toutes à la fois

les réplicats analytiques sont gérés à l'aide d'un tableau complexe et la colonne attribute "result identifier' (#111)

removed en attente des guidelines PO2 label

removed bloquant label

changed milestone to %next_one

mentioned in commit be6b86fb